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第二層:副局長2位
第三層:主任秘書、簡任技正、專門委員
第四層:疾病管制處、醫政事務科、藥政科、食品衛生科、健康管理科、長期照顧中心、檢驗科、社區心衛中心、企劃室、秘書室、會計室、人事室、政風室
第五層:蟲媒傳染病股、急性傳染病股、慢性傳染病股、檢疫防疫股、市立醫院管理股、醫政管理股、緊急醫療股、原住民健康及衛生所管理股、化妝品股、藥物股、藥政股、風險管理股、源頭管理股、流通管理股、菸害防制股、職場健康股、健康促進股、癌症防治股、機構管理股、服務資源股、照顧管理股、人力發展股、綜合服務股、藥物檢驗股、食品檢驗股、公共衛生檢驗股、心理健康促進股、成癮防治股、精神衛生股、資訊股、研考股、綜合企劃股、文書股、庶務股、會計股、預算股、統計股、第一股、第二股
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