| 日治時期 |
高雄州廳警察郡下設衛生課 |
| 民國34年10月25日 |
高雄市政府民政科，轄設衛生股 |
| 民國36年1月1日 |
成立「高雄市衛生院」，隸屬高雄市政府
內設第一股：掌理醫政
第二股：掌理防疫
第三股：掌理總務 |
| 民國36年7月 |
成立高雄縣衛生院 |
| 民國37年間 |
成立「高雄市楠梓區衛生所」、「高雄市旗津區衛生所」 |
| 民國40年5月間 |
成立「高雄市三民區衛生所」、「高雄市新興區衛生所」、「高雄市苓雅區衛生所」、「高雄市鹽埕區衛生所」、「高雄市鼓山區衛生所」、「高雄市左營區衛生所」 |
| 民國41年間 |
一、衛生院增設為四課一室，另置主計員與人事管理員
第一課：掌理保健
第二課：掌理防疫
第三課：掌理醫政
第四課：掌理總務
衛生檢驗室：掌理檢驗
二、成立「高雄市前鎮區衛生所」 |
| 民國49年1月1日 |
成立「台灣省立高雄療養院」，為台灣首先創立之開放式精神專科醫院 |
| 民國50年9月9日 |
高雄市衛生院改制為「高雄市衛生局」 ，隸屬高雄市政府，並增設秘書1人襄助局長處理局務，另改設六課一室，及設置主計室與人事管理員
第一課:掌理保健
第二課:掌理環境衛生
第三課:掌理醫政
第四課:掌理藥政
第五課:掌理護理
第六課:掌理總務
衛生檢驗室：掌理檢驗 |
| 民國51年1月間 |
成立「高雄市前金區衛生所」、「高雄市新興區衛生所」 |
| 民國51年4月 |
高雄縣衛生院改制為高雄縣衛生局 |
| 民國52年間 |
人事管理員改設人事室 |
| 民國53年4月1日 |
由警察局衛生隊移交本局成立清潔隊 |
| 民國54年間 |
本局增設安全組，掌理保防業務 |
| 民國61年間 |
本局清潔隊撤銷，另成立清潔管理所，直屬高雄市政府 |
| 民國63年間 |
一、本局安全組撤銷，改設人事室副主任，掌理人事查核事宜
二、本局人事室改為人事管理員 |
| 民國65年4月間 |
本局衛生檢驗室改為第六課，並將原有第六課改為總務室；修正組織為：
第一課：掌理保健防疫
第二課：掌理環境衛生、食品衛生
第三課：掌理醫政
第四課：掌理藥政
第五課：掌理公共衛生護產
第六課：掌理公共衛生檢驗
總務室：掌理文書、庶務及出納
主計室、人事管理員 |
| 民國68年7月1日 |
一、因高雄市改制為院轄市，本局遂改稱「高雄市政府衛生局」（直接隸屬高雄市政府，並受行政院衛生署監督），設有五科四室：
第一科：防疫保健
第二科：醫政
第三科：藥政
第四科：護理、助產及家庭計畫
第五科：衛生教育
衛生檢驗室、秘書室、會計室、人事室 二、台灣省立醫院改隸本局並更名為「高雄市立民生醫院」
三、高雄市立醫院更名為「高雄市立大同醫院」
四、「高雄市小港區衛生所」原屬於高雄縣所轄，高雄市升格時劃入高雄市 |
| 民國68年8月間 |
成立「市立兒童醫院」 |
| 民國69年10月間 |
市立兒童醫院改制為「市立婦幼醫院」 |
| 民國69年11月間 |
本局增設第六科及技術室 |
| 民國70年2月間 |
將旗津海水浴場舊有房舍移撥修建成立「高雄市立民生醫院旗津分院」 |
| 民國71年10月15日 |
本局增設第七科，修正組織如下：
第一科：防疫保健
第二科：營業、工業衛生
第三科：醫政
第四科：藥政
第五科：公共衛生護理
第六科：衛生教育
第七科：食品衛生管理
技術室、檢驗室、會計室、人事室、秘書室 |
| 民國72年7月1日 |
成立「高雄市立中醫醫院」 |
| 民國73年7月1日 |
台灣省立高雄療養院改隸高雄市政府並更名為「高雄市立凱旋醫院」，同時接辦由高雄市政府社會局興建之「大寮精神病養護所」，規劃為「大寮復健治療中心」 |
| 民國74年5月間 |
高雄市立凱旋醫院提出「大寮模式復健計畫」，正式開辦病房 |
| 民國77年4月5日 |
高雄市立民生醫院旗津分院改制為「高雄市立旗津醫院」 |
| 民國77年7月間 |
高雄市立煙毒勒戒所裁撤，歸併高雄市立凱旋醫院成立「煙毒勒戒科」 |
| 民國77年9月間 |
市立婦幼醫院更名為「高雄市立婦幼綜合醫院」 |
| 民國81年9月間 |
本局增設政風室 |
| 民國85年8月間 |
本局技術室改為企劃室 |
| 民國86年7月1日 |
一、裁撤高雄市家庭計畫推廣中心，另成立「高雄市立性病防治所」
二、本局企劃室擴編設資訊股及研考股 |
| 民國87年11月16日 |
成立「高雄市立小港醫院」並委託高雄醫學大學經營，成為高雄市第一家公辦民營之市立醫院，亦為全國第一家委由醫學中心經營之市立醫院 |
| 民國87年12月30日 |
高雄縣衛生局改為高雄縣政府衛生局 |
| 民國89年9月1日 |
高雄市立旗津醫院委託高雄市阮綜合醫院經營 |
| 民國90年8月間 |
高雄市立凱旋醫院重新規劃整修大寮園區成立「大寮百合養護中心」，首開全國唯一合法、公營、具人性化的精神養護中心 |
| 民國92年1月1日 |
一、本局第一科防疫股與高雄市立性病防治所及高雄市立慢性病防治中心合併成立「高雄市政府衛生局疾病管制處」
二、本局業務科室名稱依序改為職場衛生科、醫政科、藥政科、保健科、衛生教育科、食品衛生科
三、高雄市立婦幼綜合醫院與高雄市立大同醫院合併成立「高雄市立聯合醫院」
四、增設「高雄市三民區第二衛生所」 |
| 民國97年1月1日 |
一、高雄市政府衛生局疾病管制處納入本局
二、本局增設「疾病管制處」，共計13個科處室 |
| 民國99年12月25日 |
高雄縣、市衛生局合併，本局設置內部一級單位分別為健康管理科、醫政事務科、藥政科、長期照護科、社區心衛中心、食品衛生科、檢驗科、疾病管制處、企劃室、秘書室、人事室、會計室及政風室。 |
| 民國103年1月 |
遷至新大樓行政中心(凱旋二路132-1號)，舊址現為凱旋辦公室。 |
| 民國103年1月1日 |
設立鳳山區第二衛生所。 |
| 民國104年1月1日 |
原新興區衛生所、前金區衛生所及鹽埕區衛生所整併為新興衛生所。 |
| 民國105年4月22日 |
修正本局暨所屬衛生所組織規程暨編制表，健康管理科原設五股整併為四股，並增設附屬機關「登革熱研究中心」 |
| 民國109年1月1日 |
長期照護科改置為長期照顧中心 |
| 民國113年1月1日 |
高雄市立聯合醫院委託高雄榮民總醫院營運管理 |