C肝主要是經由血液傳染，亦即C肝病毒帶原者的血液透過被感染者的皮膚傷口或黏膜，而進入體內。
在臺灣，多數的慢性C肝病人都是在數十年前，因為接觸到被病毒汙染的針頭而不幸感染C肝，所以目前許多C肝病人的年齡都較年長。在早期醫療資源較匱乏的年代，存在許多醫源性感染，例如接受重複使用針頭之注射、至密醫或密牙醫就醫者、接受器官移植、接受透析治療（俗稱洗腎）、曾於1993年以前接受輸血治療等，這些情況近年已獲大幅改善與控制。
不過，目前C肝的傳染途徑已轉為經由藥癮者靜脈注射或不安全的性行為而傳播，尤其是過去或目前仍為靜脈注射藥癮者，感染C肝的比例可能高達8-9成。
其他可能感染C肝的途徑包括接受未經篩檢C肝（anti-HCV檢驗）的血液製劑或器官移植者、與C肝者共用機台的洗腎病人、因醫療工作接觸受汙染的尖銳物品扎傷者、HIV感染者、C型肝炎感染者所生的子女、C型肝炎感染者的性伴侶等。
另外，接受可能見血的處置，例如刺青、紋眉、穿體洞、針灸、拔罐、放血等，如果前一位顧客有C肝病毒，也可能導致感染。因此，接受這些處置前，請先確認這些操作工具是否為新開封的一次性工具，或是確實已經完整消毒的器具，避免因前一位顧客有C肝病毒而被感染。
C肝感染源包含：病毒汙染血液、靜脈藥癮、病毒汙染針灸器具、危險性行為、並塗汙染刺青器具、密醫、病毒汙染針具/醫材等。