本局預算含單位預算及附屬單位預算(醫療藥品基金)法定業務職掌包括預算、會計、統計等事項：
預算
- 年度預(概)算之籌編。
- 歲入、歲出預算分配作業。
- 預算支用最後簽證。
- 經費流用、申請修正分配預算、動支預備金及追加減預算等事項。
- 預算執行狀況分析事項。
- 經費申請保留彙編事項。
會計
- 審核各項原始憑證。
- 記帳憑證編製事項。
- 會計帳項處理。
- 會計報告之編製。
- 憑證送審事項。
- 決算之編報事項。
- 內部審核處理事項。
- 其他會計事項。
統計
各種統計報表之彙編、報表格式修正等事項，並提供統計分析資料 ,作為擬訂施政計畫參考。